投資人保護中心組織架構圖由上至下說明如下：
• 置監察人3人，得隨時調查本中心之業務及財務狀況
• 設董事會，置董事11人，由董事會選出非捐助人代表之董事1人為董事長
• 設調處委員會，置調處委員15人，主任委員由董事長兼任
• 置總經理1人，承董事長之命執行董事會之決議，並依相關法令綜理本中心業務
• 置副總經理1-2人，輔佐總經理處理業務
• 依業務性質，設法律服務處及管理處：

1. 法律服務處：受理證券或期貨爭議之調處、辦理團體訴訟或團體仲裁、辦理代表訴訟或解任訴訟業務、對發行人或證券暨期貨相關機構之財務業務查詢、提供相關法令諮詢服務、督促公司歸入權之行使、處理主管機關委託辦理事項及其他有助於達成證券投資人及期貨交易人保護法目的之業務等事項。
2. 管理處：辦理保護基金之收取、保管、運用及動用、償付作業，以及本中心人事、庶務、文書、財務、會計等事項。